Tujuan Pendidikan Nasional yang dituangkan dalam Undang-Undang Pendidikan Nomor 20 Tahun 2003 tentang sistim Pendidikan Nasional pasal 3 yang berbunyi : Pendidikan Nasional berfungsi mengembangkan kemampuan membentuk watak serta peradaban bangsa yang bermartabat dalam rangka mencerdaskan kehidupan bangsa, bertujuan untuk mengembangkan potensi peserta didik agar menjadi manusia yang beriman, bertakwa kepada Tuhan Yang Maha Esa, berakhlak mulia, berilmu, cakap, kreatif, mandiri, sehat serta menjadi warga negara berdemokratis dan bertanggungjawab. Peningkatan kualitas sumber daya manusia tidak dapat dilakukan dengan baik tanpa menempatkan lembaga pendidikan sebagai instrument sentral dalam pembinaan sumber daya manusia. Lembaga pendidikan merupakan wahana dan upaya mempersiapkan peserta didik dimasa yang akan datang melalui kegiatan bimbingan, pengajaran dan pelatihan. Dinamika perubahan dalam kehidupan masyarakat merupakan kenyataan yang telah menjadi sifat dasar dari segala yang ada di alam, termasuk manusia, lembaga-lembaga yang dibangun baik keagamaan, kemasyarakatan, lembaga pendidikan tinggi, tidak ada yang luput dari dinamika kehidupan ini bahkan pelestariannya sedikit banyak tergantung dan dipengaruhi oleh sejauh mana mereka dapat menyesuaikan diri dengan gerak perubahan tersebut. Sehubungan dengan itu, pada tahun 2004 di kota Denpasar telah berdiri lembaga pendidikan di bawah Yayasan Al-Ma’ruf mulai dari jenjang anak-anak hingga jenjang tsanawiyah dan aliyah yang memerlukan penanganan lebih serius dan sungguh-sungguh untuk menjaga kelangsungannya, karena adanya tuntutan perkembangan zaman dan semakin majunya peradaban manusia sejalan dengan pesatnya kemajuan ilmu pengetahuan dan teknologi. Maka dari itu untuk meningkatkan mutu dan kualitas lembaga pendidikan yang telah ada salah satu cara ditempuh adalah mempunyai sumber daya manusia yang handal dan mampu menjawab tantangan serta tuntutan perkembangan yang terus berjalan. Dalam konteks ini, maka eksistensi lembaga pendidikan tinggi memiliki peran yang urgen. Berdasarkan saran dan perbincangan dari Drs. H. Mansur Ali selaku Ketua Yayasan Al-Ma’ruf Denpasar dan disetujui oleh H. Zaini Musthofa, selaku Ketua Badan Pembina, kemudian didukung Majelis Ulama’ Indonesia (MUI) kota Denpasar, Pengurus NU Cabang Kota Denpasar, serta tokoh-tokoh Islam Denpasar, memberikan motivasi yang kuat terhadap warga muslim yang ada di kota Denpasar untuk mempersiapkan studi kelayakan berdirinya perguruan tinggi Islam di kota Denpasar. Selain motivasi dan dukungan di atas, pendirian STAI Denpasar juga memperhatikan beberapa aspek yang berkembang saat itu, diantaranya:
- Yayasan pendidikan Al-Ma’ruf pada jenjang Madrsah Aliyah telah memulai menamatkan lulusan sehingga dibutuhkan lembaga perguruan tinggi Islam yang dapat menampung bagi mereka yang melanjutkan.
- Terbatasnya tenaga pengelola dan pendidik bagi lembaga-lembag pendidikan Islam di kota Denpasar khususnya dan Bali pada umumnya.
- Di kota Denpasar selaku ibu kota propinsi Bali belum ada perguruan tinggi Islam.
- Adanya keinginan tokoh-tokoh masyarakat Denpasar untuk menjadikan STAI Denpasar sebagai pusat kajian Islam yang moderat, berwawasan luas dan simpatik sesuai dengan tuntutan dan perkembangan masyarakat.
Berdasarkan latar belakang diatas, STAI Denpasar terpanggil untuk dapat mewujudkan sumber daya manusia yang profesional, berakhlaqul karimah dan unggul dalam berbagai bidang keilmuan yang berwawasan budaya. STAI Denpasar sebagai salah satu perguruan tinggi Islam yang ada di Denpasar disiapkan untuk mengemban tugas dan tanggung jawab dalam merespon perubahan-perubahan dalam kehidupan nyata, yang ditandai dengan perkembangan iptek, sosial dan budaya yang terus mengalami peningkatan. Dengan ijin operasional yang dikeluarkan oleh Dirjen Pendidikan Islam Departemen Agama yang bernomor Dj.I/303/2008 STAI Denpasar Bali resmi menjadi perguruan tinggi Islam di Denpasar.